Из Сења, гдје је рођен 10. октобра 1922. године, Драгутин се отиснуо према Загребу, гдје је 1938. као гимназијалац примљен у чланство Савеза комунистичке омладине Југославије. Ухапшен је 4. маја 1942. у Загребу. Без икакве пресуде, послије тринаестодневне тортуре у загребачким затворима на Тргу Н и Савској цести, са групом од 32 затвореника пребачен је жељезничким транспортом (17. маја 1942) у Јасеновац.
Одмах по доласку у Јасеновац услиједила је пљачка и одузимање свих предмета. Нарочито су се тражиле драгоцјености попут накита и сатова. Такав је поступак био са свим новопридошлим заточеницима. Међутим, овај транспорт није се дуго задржао у Јасеновцу. Већ истог дана прослијеђени су у Стару Градишку. Ондје је остао све до 1. јула 1943, када је враћен у Логор III.
Драгутин је био свједок бројних тортура и страшних збивања везаних за страдање српског становништва са Козаре, које је у вријеме његовог боравка довођено у логор, као и ликвидација заточеника у ћелијама смрти Старе Градишке. За вријеме свог првог боравка у Старој Градишци, Шкргатић се већ након три мјесеца повезао са логорском партијском организацијом, што му је омогућило припадност економским заједницама и лакше прехрањивање. Када је усташка управа јасеновачких логора одлучила да све заточене Хрвате и муслимане пребаци у Стару Градишку у замјену за Србе и Јевреје који је требало да буду враћени у Циглану, поново је 29. августа 1943. упућен у Стару Градишку, у којој је остао све до њеног коначног укидања, крајем 1944. Слиједио је поновни, трећи, повратак у јасеновачки Логор III.
Приликом пробоја из логора, Шкргатић је био наоружан ножем, који је заједно са заточеником Драгутином Јагаром узео из логорске кухиње. Јагар и Шкргатић били су чланови Хуберове десетине, која је формирана од стране логорашког руководства уочи самог пробоја. Хубер се у својим мемоарима сјећа како је приликом јуриша из зграде у којој су били смјештени заточеници видио да се Шкргатић и још један заточеник боре са стражаром, што свједочи о његовом јунаштву, храбрости и снази воље у најпресуднијим тренуцима борбе за голи живот.
Као члан Земаљске комисије Хрватске за утврђивање злочина окупатора и њихових помагача, Драгутин је у првим данима након завршетка рата обишао простор бившег логора и видио разасуте остатке лешева убијених заточеника и рушевине објеката бившег логора. Након рата живио је и радио у Загребу, обављајући низ важних функција. Између осталог, био је и замјеник директора творнице „Раде Кончар“. Умро је 18. јануара 2008. године у Загребу.
